Khoa Tự nhiên được thành lập tháng 4 năm 2007.
Nhiệm vụ:
* Đào tạo giáo viên Trung học cơ sở có trình độ CĐSP các môn khoa học tự nhiên với các loại hình khác nhau: chính quy tập trung, chuẩn hoá, …
* Nghiên cứu khoa học: Thực hiện các đề tài nghiên cứu khoa học: khoa học cơ bản, khoa học ứng dụng.
* Bồi dưỡng giáo viên: Cùng với sở GD - ĐT thực hiện các chuyên đề về thay sách giáo khoa THCS, các chuyên đề bồi dưỡng thường xuyên…cho giáo viên THCS trong toàn tỉnh.
* Hợp tác quốc tế: Đào tạo, bồi dưỡng, hợp tác nghiên cứu với Lào và các nước khác.
Các chuyên ngành đã và đang đào tạo:
* CĐSP: Toán - Lý, Toán - Tin, Toán - TD, Toán, Lý - Hóa, Lý - KTCN, Lý - Tin, Lý, Hoá - Lý, Hóa - Sinh, Sinh - Hoá, Sinh - KTNN, Công nghệ, chuẩn hoá môn Toán, chuẩn hoá môn Hoá.
* TCCN: Thiết bị - Thư viện.
* Thời gian đào tạo của tất cả các ngành CĐSP: 3 năm (trừ các môn chuẩn hoá); TCCN: 2 năm.